POLEMICA GENERADA

Desde que se conociese la intención gubernamental de implantar EPC se levantó una viva polémica motivada por la fuerte oposición a esta asignatura entre sectores conservadores españoles, que afirman que el Estado asume la educación moral de los individuos, sustrayendo a los padres el derecho a decidir dicha educación para sus hijos.
Por su parte, el gobierno sostiene que la asignatura servirá para educar "en valores democráticos y de tolerancia"[]
El Partido Popular se ha mostrado contrario a la asignatura. En palabras de Alicia Delibes, viceconsejera de Educación de la Comunidad de Madrid:[] Se trata de una educación con un contenido moral y político, de un sesgo muy determinado. [...] La izquierda pretende conducir la voluntad de los niños y moldear sus conciencias.
La Iglesia Católica se ha opuesto a ella, tachándola de totalitarista.[6] Los puntos más criticados son los que se refieren a la educación sexual, la enseñanza de familias multiparentales u homosexuales mediante una visión alternativa a los valores tradicionales, y el fin laicista y de adoctrinamiento estatal[.] El arzobispo de Toledo, Antonio Cañizares, señaló que los centros que impartan esta asignatura "colaborarán con el mal".
Algunos sectores de la izquierda anarquista efectúan una crítica a ella,[9] al indicar que se induce al sistema de democracia parlamentaria en detrimento de otras formas de organización social, y la ideología ciudadanista en oposición a la tradicional ideología socialista de la lucha de clases. Otros sectores de la izquierda -de los cuales el filósofo Carlos Fernández Liria es el más visible- critican la asignatura y a sus promotores por ofrecer una "farsa" biempensante llamada "ciudadanía" al tiempo que colaboran en su destrucción alentando lo que denominan la "voracidad capitalista".[]
La negativa del Gobierno Español a aceptar la "objeción de conciencia"[11] a la asignatura llevó a algunos padres a recurrir a los tribunales superiores de justicia de sus comunidades autónomas, con resultado desigual.
Los tribunales superiores de justicia de Cataluña[] y Asturias[ ]rechazaron la posibilidad de la objeción al considerar que ni la regulación jurídica ni los contenidos de la asignatura vulneran los derechos fundamentales recogidos en la Constitución. El de Baleares dictaminó que esta materia "no incide en valores religiosos sobre posiciones morales o ideológicas"[. ]También, el Tribunal Superior de Justicia de Cantabria resolvió negar la objeción de conciencia.[ ]Por el contrario, el de Andalucía admitió a trámite en marzo de 2008 el recurso presentado por cinco particulares contra la asignatura. En mayo de 2008, el Tribunal Superior de Justicia de Navarra[16] rechazó suspender cautelarmente la obligatoriedad de la asignatura.
El 28 de enero de 2009 el Tribunal Supremo, tras dos días y medio de deliberaciones, unificó doctrina dictaminando en contra de la objeción a la asignatura por una amplia mayoría de 22 votos a favor y 7 en contra.[][]
La doctrina establecida por la sala del Supremo fue recogida por el Tribunal Supremo de Justicia de Castilla la Mancha, que dictaminó negar la objeción de conciencia en los recursos planteados.[19] Así mismo, el Tribunal Superior de Justicia de Andalucía resolvió denegar los recursos interpuestos por los padres que solicitaron anular y dejar sin efecto los suspensos impuestos a los alumnos objetores que no asistían a clase.[20] En el mismo sentido, el Tribunal Superior de Justicia de Cantabria ha resuelto negar la objeción estableciendo que "la ética no puede ser neutra" en el sentido de carecer de contenido valorativo, y que EpC "tan sólo trata de dotar a los alumnos de unos mínimos referentes y valores para vivir en sociedad y en pacífica y democrática convivencia con el resto de los ciudadanos".[] Sin embargo, el 23 de septiembre de 2009 el Tribunal Superior de Justicia de Castilla y León se alejó del dictamen del Tribunal Supremo y reconoció el derecho de los padres a objetar a la asignatura, argumentando el conflicto ideológico que supone el que sus hijos recibiesen una educación contraria a sus creencias religiosas, éticas o morales.[]